— Neveu du précédent, Fernand Ménégoz est né à Strasbourg, où il fut pasteur de 1898 à 1919, date où il est nommé professeur de dogmatique à la faculté de théologie protestante de la ville. Son important ouvrage sur Le problème de la prière (Strasbourg-Paris, 1925, 464 p. ; rééd. mise à jour, 1932) se situe au moment où la théologie protestante quitte l'anthropocentrisme qui la dominait depuis un siècle pour entrer dans un théocentrisme qui la ramène vers le calvinisme. C'est le début de l'influence de Karl Barth et du Der Römerbrief (Munich, 1922). Ménégoz pense avec Auguste Sabatier que le fondement de la religion est la prière du coeur. Il faut opérer une conversion de la théologie en s'appuyant sur une étude de la prière. Reprenant cette étude à la suite de F. Heiler (Das Gebet, Munich, 1920), Ménégoz analyse l'acte de la prière dans la Bible, chez les prophètes, chez Jésus, chez saint Paul et aussi chez Luther.
Il montre que l'élément fondamental de l'expérience religieuse du réformateur est « le fait de se savoir entièrement lié par l'autorité du Dieu souverain tel qu'il se révèle dans sa Parole, c'est-à-dire dans l'Écriture… Toute prière, pense Luther, est une création de l'esprit de Dieu dans l'homme… La vraie prière, la prière humble, confiante et sûre de son exaucement n'est concevable que comme un fruit de la foi et parce que la foi qui sauve est toujours un don gratuit de Dieu » (p. 318, 329).
La certitude de la foi et la certitude historique, Paris, 1906 ; Réflexions sur le problème de Dieu (Paris, 1931 ; à propos du Problème de Dieu d'Édouard Le Roy, 1929) ; Le christianisme : vie nouvelle. Considérations doctrinales, Paris, 1943.
De nombreuses revues, protestantes et catholiques, rendirent compte du Problème de la prière (vg Revue de théologie et de philosophie, avril 1930, p. 131-151 ; Revue thomiste, t. 39, 1934, p. 552-558).
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